بهترین و منعطف ترین شیوه آدرس دهی و include کردن و آدرس دهی

با نام و یاد خدا
با سلام به همه دوستان
اگر ساختار سایتی بدون استفاده از از mvc و یا framework ها :

css
styles.css
js
script.js
includes
header.php
config.php
index.php
htaccess.

باشه که پوشه های css ,js, includes و فایل index.php سطح اول و بقیه در سطح های 2 هستند . با فایل htaccess هم خطا های 404 رو می خوایم به همون index.php انتقال بدیم.(در اینجا فایل index در هر پوشه و زیر پوشه ای که وجود نداشته باشه اجرا میشه که خودش با header با فایل های افزوده شده css js اینکلود میشه )

* بهتره که چه جوری آدرس دهی (برای include کردن) و پوشه بندی کنیم که چه بر روی لوکال هاست در ویندوز و چه بر روی هاست لینوکس با مشکل مواجه نشیم .
* فایلهای css , js رو نسبی آدرس دهی کنیم یا مطلق(چون شاید بخوایم اینا رو درون یک فایل جداگانه با نام header که خودش include میشه اضاف کنیم)
*چگونه ریشه پروژه سایتم را پیدا کنم که هم برای لوکال هاست ویندوز و هم برای لینوکس معتبر باشه؟ (منظورم ریشه ای هست که کل محتوای پروژه داخلش هست ؛ حالا ممکنه که این پروژه توی زیر پوش های دیگه باشه)
یا سپاس