تقسیم کردن فایل بخش سرور به چند فایل کوچکتر

سلام دوستان
من php کار میکنم و چند روزیه دارم با node.js کار میکنم (js و jquery هم بلدم یکم)

یه مقدار باهاش کار کردم. فقط یه مشکلی که باهاش دارم اینه که به فرض اگر سیستم کتابخانه رو در نظر بگیرین:
توی php کد های سرور مربوط به بخش یوزر رو میزاشتیم تو یه پوشه؛
کدهای بخش مدیر رو میزاشتیم تو پوشه دیگه
و کد های بخش مدیریت کتاب رو میزاشتیم تو پوشه book
....
توی node چون فایل server.js باید درحالت اجرا باشه که کدها عمل کنن توی این حالت یا باید همه فایل های بخش سرور رو run کنیم که بخاطر تعداد زیاد فایل ها اصلا جالب نیست
یا باید کل کد ها رو توی یه فایل بیاریم و فقط اون فایل رو اجرا کنیم و اینم بخاطر شلوغی امکان اشکال زدایی و توسعه برنامه نداره

نمیدانم منظورم رو قشنگ منتقل کردم یا نه؛ ولی لطفا یه راه حل برای این موضوع بهم بدین...
ممنونم